Профессиональный путь: - 1889 г. — окончил Черниговскую гимназию.
- 1889 — 1994 гг. — обучение на естественном отделении физико-математического факультета Императорского Московского университета. Был оставлен при университете для приготовления к профессорскому званию сроком на 4 года.
- 1897 — 1905 гг. — сверхштатный ассистент при Зоологическом музее Императорского Московского университета.
- 1897 г. — утвержден в чине коллежского секретаря со старшинством.
- 1901 г. — за выслугу лет произведен в чин титулярного советника со старшинством.
- 1903 г. — защитил магистерскую диссертацию в Императорском Московском университете «Материалы по анатомии ложноскорпионов». Утвержден в степени магистра зоологии.
- 1903 г. — за выслугу лет произведен в чин коллежского асессора со старшинством.
- 1903 — 1905 гг. — командировка для научной работы за границу.
- 1905 — 1908 гг. — приват-доцент при кафедре зоологии Императорского Московского университета.
- В 1905 — 1908 гг. — хранитель Зоологического музея Императорского Московского университета.
- 1906 г. — защитил докторскую диссертацию «Наблюдения над строением и развитием Coelenterata» в Императорском Московский университете.
- 1908 г. — экстраординарный профессор, 1909 — 1917 гг. — ординарный профессор по кафедре зоологии Императорского Варшавского университета.
- 1909 г. — за выслугу лет произведен в надворные советники со старшинством, в 1912 г. — в коллежские советники.
- 1914 — 1915 гг. — проректор Императорского Варшавского университета.
- 1915 — 1924 гг. — декан физико-математического факультета Императорского Варшавского университета (с 1917 г. — Донского университета).
- 1917 — 1924 гг. — профессор Донского университета.
- 1924 — 1934 гг. — профессор Воронежского университета и Воронежского сельскохозяйственного института.
- 1934 — 1937 гг. — заведующий кафедрой зоологии позвоночных Воронежского университета.
Научная и педагогическая деятельностьВо время учебы в Императорском Московском университете Яков Павлович Щелкановцев занимался зоологией под руководством профессора А. А. Тихомирова. После окончания университета был оставлен для приготовления к профессорскому званию, продолжая студенческие исследования по биологии и анатомии членистоногих.
После утверждения в степени магистра зоологии в 1903 г. Яков Павлович на два года был командирован для научной работы за границу, где работал первоначально в лаборатории проф. Гертвига в Мюнхене, а потом на морских зоологических станциях Триеста, Неаполя, Виллафранки. Яков Павлович занимался эмбриологией медузы Aegineta flavescens и проводивший наблюдения над почкованием паразитической наркомедузы Cunina proboscidea, живущей в гастральной полости медузы Carmarina hastata. Также в период командировки Я. П. Щелкановцевым были осмотрены музеи и сады Берлина, Вены, Дрездена, Кёльна, Франкфурта-на-Майне и Парижа.
Я. П. Щелкановцев — автор более 70 научных публикаций, напечатанных в русских и зарубежных издательствах и внесших значительный вклад в развитие зоологии.
В магистерской диссертации «Материалы по анатомии ложноскорпионов» выяснен целый ряд новых данных в морфологии, имеющих значение и для определения и систематического положения этих малоизученных до того членистоногих.
В докторской диссертации «Наблюдения над строением и развитием Coelenterata» Щелкановцев описывал историю развития Cunina proboscidea. Помимо новых эмбриологических данных автором была дана серию гистологических, недостаточно выясненных до того подробностей, и рассматрен ряд общих морфологических вопросов. Также фундаментальным трудом Я. П. Щелкановцева является «Краткий курс зоологии», который в последствии трижды переиздавался.
В Воронежском государственном университете в 1925 — 1929 гг. под руководством профессора Я. П. Щелкановцева проводились этномологические экспедиции по изучению вредителей лесов.
В рамках педагогической работы Яков Павлович в 1897 — 1905 гг. вел занятия по элементарному курсу анатомии всех типов животного царства, читал курсы по эмбриологии, зоологии позвоночных и элементарной анатомии животных. В Императорском Варшавском университете читал курсы по общей зоологии, зоологии позвоночных и этномологии и эмбриологии.
Награды:1904 г. — орден Святого Станислава 3 степени.
1911 г. — орден Святой Анны 3 степени
1914 г. — орден Святого Станислава 2 степени.